Sở dĩ ngôi nhà cổ kính được xem là kiểu mẫu bởi vì nó lưu giữ được những yếu tố kiến trúc xưa với chất lượng tuyệt hảo của vật liệu xây dựng và sự gìn giữ của cả đại gia đình Phùng Hưng.

Nhà cổ Phùng Hưng là sự hòa quyện vẹn tròn của ba trường phái kiến trúc: Việt Nam, Nhật Bản và Trung Quốc. Hệ thống ban công và cửa chớp đặc cách làm theo lối kiến trúc của người Trung Hoa, mái nhà ở gian giữa có bốn hướng được biết đến là mái “tứ hải”của Nhật (giống mái của chùa Cầu). Cuối cùng là hệ thống sườn gỗ, hệ thống xà ngang, xà dọc, mái truyền thống hai hướng ở gian trước và gian sau là kiểu cách của Việt Nam. Đây là ngôi nhà rộng và cao nhất ở trong vùng. Có 80 cột gỗ lim tất cả được đặt trên chân đá với mục đích không để chân cột và mặt đất tiếp xúc với nhau. Khu vực này gần sông nên thường xảy ra ngập úng, nước lên tới 0.5m mỗi năm.

Năm 1964 đánh dấu trận lụt năm Thìn lớn nhất tại Việt Nam, nước dâng cao 2.5m, lên đến sàn gác gỗ. 160 người dân đã đến đây trú trong 3 ngày, 3 đêm. Năm 1999, hai cơn “đại hồng thủy” đã tràn đến cả khu phố cổ làm tổn thất nhiều cơ sở vật chất. Một cửa sập thông với tầng trên để khi lụt lội xảy đến mọi người có thể chuyển hàng hóa lên tầng trên, do đây là nhà buôn.

Đặc biệt các cánh cửa ngôi nhà có thể tháo rời ra. Ở đây cũng lợp mái âm dương, giúp cho ngôi nhà thông thoáng do mái có nhiều khe rãnh. Bộ phận đỡ mái hiện được chạm trổ hình cá chép - biểu tượng cho sự may mắn và phồn thịnh. 

Gian giữa để thờ những vị thần phù hộ. Ngày trước mỗi lần đi biển buôn bán, mọi người đều tụ họp lại làm lễ cúng thần, trong đó thuyền trưởng đại diện cho đoàn thả bảy con súc sắc trong tô để thử vận may cho đoàn, được phép thả ba lần, nếu một lần họ được luôn bốn mặt đỏ trở lên nghĩa là may mắn thì họ sẽ ra khơi còn không họ chắc chắn sẽ hoãn lại chuyến đi.

Với niên đại hơn 100 năm, kết cấu khá đặc sắc với phần gác cao bằng gỗ và các hành lang rộng xung quanh, nhà Phùng Hưng tiêu biểu cho sự phát triển về kiến trúc và sự giao lưu kiến trúc Á Ðông tại Hội An trong thập niên trước đây.

Ngày 29/6/1993, nhà Phùng Hưng được công nhân là di tích Lịch sử – Văn hóa quốc gia vào.